在清洗之前確定獏表面污垢的類型是非常重要的。進行污垢類型確定的好方法是對反滲透測試模片上所收集的殘留物進行化學分析.以確定污染物的主要類型，以便進行針對性的化學清洗=在不能采用化學分析的情況下，可以根據測定情況，測試膜片上殘留物的顏色、密度.然后對污垢進行分類。比如.呈褐色的殘留物可能為鐵污垢；白色殘留物則可能是硅、砂質黏土、鈣垢等；晶狀體外形是無機膠體、鈣垢的一個特征：生物污垢或者有機污垢一般呈現黏稠狀.還可以從氣味上進行分析判斷。確定了獏表面的污染物.那么就必須選擇正確的清洗程序=如果污垢為金屬氫氧化物，比如：含鐵的氫氧化物或者鈣垢.那么可以采用檸檬酸清洗；如果確定主要污垢為有機物或者澂生物.那么建議使用緘性清洗方法=
為了使清洗工作取得好的效果•膜元件必須在產生大量污垢前進行清洗。如果清洗工作延誤太晚將非常困難，或者難以從膜表面上徹底清除污垢并重新恢復膜性能至初始狀態。當進水和濃水之間的標準化壓差上升了15%，或標準化的產水量降低了10%，或標準化的鹽透率增加了5%時，應該對膜系統進行清洗。
反滲透系統清洗的步驟如下。
(1)低壓沖洗好使用反滲透產品水沖洗，也可以用預處理出水（原水中若含有特殊化學物質，如能與清洗液發生反應的不能使用）。.
(2)配置清洗液用反滲透產品水配置清洗液，準確稱量藥劑并混合均勻，檢查清洗液的pH值、溫度（溫度不低于25°C)及藥劑含量等條件是否符合要求。
(3)低壓低流量輸入清洗液并循環用正常清洗流量的1/3流量及20～40PSI的壓力向反滲透系統輸入清洗液，剛開始的回水排掉，防止清洗液被稀釋。讓清洗液在管路循環5～lOmin。觀察回流液的濁度和pH值，若明顯變濁或者pH值變化超過0.5,可加入適量藥劑或重新配置清洗液再進行上述操作。
(4)浸泡及間歇循環停止清洗泵循環，防止清洗液流出壓力容器，可關閉清洗液進水閥、清洗液濃水回流閥、清洗液產水回流閥。視組件污染情況，膜組件全部浸泡在清洗液中lh左右或更長時間（10～15h或過夜）。期間可以間歇的開啟循環泵保持恒定的清洗液溫度（25～30°C)。
(5)大流量循環加大清洗液流量到正常清洗流量的1.5倍進行清洗，循環30～60mino此時壓力不能太高，以系統無或稍有產水的壓力為限，注意膜元件壓差和壓力容器的壓差不能超過極限值。
(6)沖洗先用產品水（低沖洗溫度為20°C)沖洗系統約5mm,然后用預處理合格產水沖洗系統糾～30min,為防止沉淀，低沖洗溫度為20°C，將清洗液完全沖出無殘留。開啟系統運行，檢査清洗效果，產水排掉不用。若要停機不用的要按相關方法保存好組件，詳見后述。
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